A partir de 2001, as atividades de ensino de pós-graduação do Instituto de Saúde Coletiva da Universidade Federal da Bahia foram ampliadas com a implantação do curso de Mestrado Profissional em Saúde Coletiva (MP-ISC). Um dos primeiros mestrados profissionais do Brasil, o MP-ISC tem sido avaliado com a nota máxima (cinco) pela CAPES desde a sua criação.
Sua constituição reflete a preocupação do ISC/UFBA com a qualificação das políticas, dos programas e dos serviços de saúde, especialmente no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS). A modalidade tem o objetivo de qualificar profissionais de saúde, envolvidos com gestão ou a atenção à saúde, que desejam aprofundar seus conhecimentos, sem necessariamente prosseguir em uma carreira acadêmica.
Até o ano de 2017, foram 21 turmas e 337 alunos/as formados/as pelo MP-ISC.
Seguindo a mesma lógica do Programa Acadêmico, o Mestrado Profissional está vinculado aos Programas Integrados de Pesquisa, Ensino e Cooperação Técnica do ISC/UFBA, organizados em torno de linhas de pesquisa.